Il gruppo terroristico Haqqani Network ha iniziato a comparire nei rapporti delle agenzie di intelligence che operano in Afghanistan e Pakistan dal 2004 al 2005. Il nome della rete è associato al nome del comandante sul campo Jalaluddin Haqqani, che ha combattuto contro le truppe sovietiche.
Durante la permanenza delle truppe sovietiche in Afghanistan, Jalaluddin Haqqani era un famoso comandante sul campo, era supportato dalla Central Intelligence Agency degli Stati Uniti, fornendo assistenza finanziaria.
Dopo il ritiro delle truppe sovietiche, la guerra civile in Afghanistan continuò. Haqqani è stato coinvolto in diverse operazioni importanti, la sua autorità è cresciuta in modo significativo. Nel 1992 ha preso parte ai negoziati di pace tra le parti belligeranti, poi è diventato ministro della Giustizia dell'Afghanistan e ha ricoperto questo incarico per quattro anni.
Dopo la presa di Kabul da parte dei talebani nel 1996, Haqqani ha disertato dalla loro parte ed è stato nominato ministro degli affari di frontiera. In pratica, questo ha portato al fatto che controllava completamente la provincia di Paktia, che ospitava i campi di addestramento di al-Qaeda che furono poi distrutti dagli americani. Dopo l'inizio dell'operazione statunitense contro i talebani, Haqqani iniziò a comandare le proprie forze armate, ma non riuscì a resistere agli invasori. I talebani furono sconfitti, Haqqani iniziò a condurre una guerriglia e fu presto nominato dagli americani come uno dei sei terroristi più ricercati dai talebani.
Le azioni di Haqqani contro le forze governative e l'esercito americano hanno avuto molto successo, dalla metà degli anni 2000, i rapporti dall'Afghanistan hanno iniziato a menzionare la "Rete Haqqani", che indicava la maggiore influenza di questo signore della guerra. Dal 2006, insieme a Haqqani, suo figlio Sirajuddin (Siraj) è responsabile della rete. Dal 2007, è stato Siraj a governare il gruppo in relazione al deterioramento della salute di suo padre. Strettamente affiliato ai talebani, il gruppo terroristico Haqqani ha comunque operato in modo indipendente e non si è mai sottomesso a nessuno.
Ben presto, la leadership della "Rete Haqqani" comprendeva già diversi membri della famiglia del suo fondatore e un certo numero di comandanti sul campo, il gruppo controllava diverse province dell'Afghanistan. Dal 2008, il gruppo ha iniziato a utilizzare attentatori suicidi per compiere attacchi terroristici, le autorità statunitensi hanno iniziato a vederlo come la più grande minaccia per le truppe americane in Afghanistan. Secondo i servizi di intelligence, il numero dei membri della rete nel 2010 variava da 4 a 15 mila persone. È stato difficile stimare con maggiore precisione il numero di militanti a causa della natura chiusa del gruppo.
Dal 2008 il figlio del fondatore del gruppo, Siraj Haqqani, è stato inserito dagli Stati Uniti nella lista dei terroristi; dal 2009 è stata annunciata una ricompensa di 5 milioni di dollari per informazioni su di lui. Negli anni successivi, Nasiruddin Haqqani, Khalil al-Rahman Haqqani e Badruddin Haqqani furono aggiunti alla lista dei terroristi.
Per molto tempo, le autorità statunitensi non hanno osato includere ufficialmente la "Rete Haqqani" nel numero di gruppi terroristici, poiché speravano ancora di raggiungere un accordo con i leader di un movimento così influente. I servizi segreti del Paese hanno persino tenuto incontri con i rappresentanti della rete, ma non sono riusciti a raggiungere alcun accordo.
La situazione si è finalmente chiarita nel settembre 2011, quando i terroristi della rete Haqqani hanno attaccato il quartier generale delle forze della NATO e l'ambasciata degli Stati Uniti a Kabul. 16 persone sono rimaste vittime dell'attentato. È apparso chiaro che non sarebbe stato possibile raggiungere un accordo con i terroristi e nel settembre 2012 è stato annunciato che gli Stati Uniti avevano aggiunto la rete Haqqani all'elenco dei gruppi terroristici.